from deeprank.features.FullPSSM import FullPSSM
from deeprank.features.FullPSSM import __compute_feature__ as func
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# Definition of the class
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[docs]class PSSM_IC(FullPSSM):
pass
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#
# THE MAIN FUNCTION CALLED IN THE INTERNAL FEATURE CALCULATOR
#
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[docs]def __compute_feature__(pdb_data, featgrp, featgrp_raw, chain1, chain2):
func(pdb_data, featgrp, featgrp_raw, chain1=chain1, chain2=chain2,
out_type='pssmic')
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#
# IF WE JUST TEST THE CLASS
#
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if __name__ == '__main__':
from time import time
from pprint import pprint
import os
t0 = time()
# get base path */deeprank, i.e. the path of deeprank package
base_path = os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.dirname(
os.path.realpath(__file__))))
pdb_file = os.path.join(base_path, "test/1AK4/native/1AK4.pdb")
path = os.path.join(base_path, "test/1AK4/pssm_new")
pssmic = FullPSSM('1AK4', pdb_file, path, out_type='pssmic')
pssmic.read_PSSM_data()
pssmic.get_feature_value()
pprint(pssmic.feature_data)
print()
pprint(pssmic.feature_data_xyz)
print()
print(' Time %f ms' % ((time() - t0) * 1000))